En 22 de agosto de 1998 este santuario fue inaugurado por el monseñor Juan Larrea Holguín en honor a santa Narcisa de Jesús Martillo Moran.
Narcisa de Jesús más conocida como la ¨violeta de Nobol¨, nació en Nobol el 29 de octubre de 1832 y falleció el 8 de diciembre de 1869 en la ciudad de Lima-Perú.
En 1992 fue beatificada oficialmente y el 12 de octubre de 2008 fue canonizada por Benedicto XVI.
Este santuario es uno de los centros de peregrinación más visitados del país, ya que en este reposa el cuerpo de Narcisa de Jesús, incluso vienen personas del extranjero a visitar el lugar, tanto como Perú, Estados unidos, Europa, Colombia.
Luego de beatificarla a Narcisa de Jesús se procedió a la construcción de este templo, el templo está construido en la ciudad natal de Narcisa de Jesús.
La idea fue construir el cuerpo para que en este pueda descansar el cuerpo de Narcisa de Jesús, ya que estaba en Lima, lugar donde falleció, primero fue llevada a Guayaquil el cual reposo en dos iglesias, la del Santísimo Sacramento y la San José hasta 1972 que fue llevada a Nobol donde se encuentra actualmente.
Este templo tenia categoría de santuario arquidiocesano, pero el 23 de octubre del 2009 fue ascendido a santuario nacional por la conferencia episcopal ecuatoriana.
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